El Sistema Estatal Anticorrupción se hará cargo de las denuncias que presenten los ciudadanos en lo administrativo y lo penal para encausarlas a la instancia correspondiente, sea laContraloría Estatal, la Auditoría Superior de Michoacán, o la Fiscalía General del Estado.
En sesión del Consejo Ejecutivo del SEA, los consejeros encabezados por el secretario Juan José Tena García, bajo el denominado Acuerdo de Lineamiento de Denuncias, este Sistema será el recipendario de quejas y demandas para enviarlas cualquiera de las tres instancias de autoridad y se dará a cada ciudadano denunciante un folio para informarle, cómo va progresando su documento interpuesto.
Por otra parte, está la discusión sobre el uso del presupuesto recién asignado a este órgano colegiado, mismo que era de 18 millones de pesos que aprobó Finanzas y finalmente fue reducido a 15 millones de pesos
